A SEMA/MT é responsável pelo licenciamento ambiental de empreendimento ou atividades consideradas ou potencialmente poluidoras, segundo o Código Estadual do Meio Ambiente (artigo 19, LC nº38/1995) e Lei de Criação da SEMA/MT (artigo 5º, LC nº 214/2005). Em alguns tipos de empreendimentos, como usinas hidrelétricas, se exige a identificação das espécies de plantas que crescem na área de influência direta e indireta. Nesse sentido se faz necessária a coleta, transporte, identificação e depósito em uma coleção biológica (herbário) reconhecida oficialmente.

Para tanto a CECO definiu um roteiro que orienta os empreendedores sobre como proceder para obter uma Autorização para Coleta e Transporte de Material Botânico. O empreendedor deve protocolar os documentos listados no roteiro e protocolizá-los na sede ou regionais. Após avaliação técnica, dos documentos e planejamento de coleta, a autorização é emitida pela Superintendência de Biodiversidade (SUB), com validade de 01 (um) ano.

A CECO elaborou Instrução Normativa com intuito de disciplinar os procedimentos para autorização e transporte de amostras de material botânico de espécies nativas no estado de Mato Grosso.