LO – Licença de Operação é concedida após cumpridas todas as exigências feitas por ocasião da expedição da LI, autorizando o início do empreendimento ou atividade licenciada e o funcionamento de seus equipamentos de controle ambiental, de acordo com o previsto nas Licenças Prévia (LP) e de Instalação (LI). A LO é emitida pela Coordenadoria de Infra-estrutura – CEI, Coordenadoria de Mineração – CM, Coordenadoria de Indústria – CI, Coordenadoria de Atividades Agropecuárias e Piscicultura – CAAP e Coordenadoria de Gestão de Resíduos Sólidos – CGRS, todas vinculadas da Superintendência de Infra-estrutura, Mineração, Indústria e Serviços – SUIMIS.