Além das mudanças nas Secretarias de Justiça e Segurança Pública (Sejusp) – hoje dividida em Secretaria de Segurança Pública (Sesp) e Secretaria de Justiça e Direitos Humanos (Sejudh) - e Infraestrutura (Sinfra) – dividida em Secretaria de Transporte e Pavimentação Urbana (Setpu) e Cidades (Secid) -, a Lei Complementar 413/2010, sancionada pelo governador Silval Barbosa e publicada no Diário Oficial no dia 20 de dezembro, também define alterações nas secretarias extraordinárias do Governo do Estado.
A partir do decreto, as competências do Programa MT Regional, passam da Casa Civil para a Secretaria de Desenvolvimento Rural e Agricultura Familiar (Sedraf). Todas as responsabilidades relativas à Ouvidorias e Corregedorias no âmbito do Governo do Estado agora ficam sob a tutela da Auditoria-geral do Estado (AGE).
A Secretaria Extraordinária de Apoio às Políticas Educacionais na nova gestão será extinta. As competências desta pasta ficarão sob a responsabilidade da Sejudh, assim como as atividades referentes ao Sistema de Defesa do Consumidor (Procon) e conselhos responsáveis pela defesa dos direitos individuais e coletivos, que antes eram ligadas à Secretaria de Trabalho, Emprego, Cidadania e Assitência Social (Setecs).
Outra secretaria extraordinária que foi extinta é a de Projetos Estratégicos, que terão suas atividades coordenadas agora pela Secretaria de Cidades (Secid). Por último, na reforma da estrutura do Governo do Estado, a Secretaria Extraordinária de Assuntos Fundiários e Políticas Ambientais, passa a ser uma secretaria adjunta da Casa Civil.
